Le ninjutsu est l'art du ninja. Ce type de jutsus consomme habituellement une importante quantité de Chakra. Le ninjustu consiste à contrôler les 5 éléments de la nature :

1. Katon - L'art d'utiliser le feu
   
2. Suiton - L'art d'utiliser l'eau
   
3. Doton - L'art d'utiliser la terre
   
4. Raiton - L'art d'utiliser la foudre
   
5. Fūton - L'art d'utiliser le vent
   

De plus, en combinant deux affinités, il est possible de générer une nouvelle nature. Le fait de changer la nature en deux éléments distincts, et d'utiliser un nouvel élément en les contrôlant simultanément est ce qu'on appelle un kekkei genkai. Le Hyoton de Haku ou encore le Mokuton de Shodaime Hokage en sont de bons exemples.
Certaines techniques n'entrent néanmoins pas dans ce système, elles peuvent être maîtrisées par n'importe quel ninja, quelle que soit son affinité.



Le Ninjutsunécessite une concentration du flux vitale, utilisation combinée de l’énergie du corps et de l’énergie de l’esprit. On dit alors « malaxer le Chakra ». Il peut aussi employer en plus des ressources naturellement disponibles pour des sorts de types élémentaires.

La plupart du temps, les sorts de Ninjutsu nécessitent une combinaison de sceaux (chaque sceau de main montrant un animal différent du zodiaque chinois). Les mains sont placées dans les positions séquentielles qui malaxent le Chakra de façon à exécuter le Jutsu. Si une série de sceaux est interrompue, la technique qui en résulte ne fonctionnera pas.

Contrairement au Genjutsu qui plonge l’adversaire dans une illusion, les sorts de Ninjutsu et leurs effets sont tout à fait réels. Les Jutsus les plus simples (comme Kawarimi no Jutsu) semblent devenir, pour le ninja expérimenté, une véritable deuxième nature, pouvant être exécutés à volonté.