Dōjutsu est l'art d'utiliser les iris. Ce type de jutsu est exclusivement d'ordre génétique (kekkei genkai) et ne peut donc être appris par tous les ninjas. L’utilisation de ces yeux permet selon les dōjutsu de percevoir les flux de chakra ou encore d'accroître sa capacité de perception. Ceci permet alors au ninja d'avoir une meilleure lecture du combat et donc de mieux anticiper les différents jutsu. Les dōjutsu disposent d'une haute capacité analytique mais aussi de bonnes aptitudes offensives. Les principaux détenteurs d'un tel pouvoir sont le clan Uchiwa et le clan Hyûga; l'un possède le Sharingan et le Kaléidoscope hypnothique du Sharingan, l'autre le Byakugan.


Le Sharingan :

Le sharingan (写輪眼, sharingan) est la technique d'oeil héréditaire du clan Uchiwa, dont bénéficie aussi Kakashi Hatake, (mais par don de la part de Obito Uchiwa). Il est maîtrisable par la plupart des Uchiwa. Il permet, entre autres, de prévoir les mouvements de l'ennemi de quelques dixièmes de secondes, de copier les jutsus (sauf les autres Kekkei genkai) et d'amplifier certaines techniques de Genjutsu . Néanmoins son principal atout est qu'il permet à son porteur de copier n'importe quelle technique de ninjutsu ou de genjutsu et de taijutsu qu'il a vu exécuter auparavant. Il existe différents niveaux d'évolution de sharingan que les Uchiwa peuvent "réveiller" (qui se révèlent par le nombre de tomoe -sortes de virgules noires- visibles, de un à trois qui sont en réalité différentes pupilles).
Chaque tomoe possède une particularité spécifique:

• La première tomoe permet au détenteur du Sharingan de voir et décrypter les attaques adverses de manière à prévoir les attaques avec une avance de tout au plus quelques dixièmes de seconde
  
• La deuxième tomoe (le Sharingan de Sasuke dans la première partie de l'anime) permet de copier tous les mouvements perçus par la seconde pupille.
  
• La troisième tomoe que Sasuke développera lors son combat dans la vallée de la fin permet de voir les pulsions de force de l'adversaire permettant d'anticiper ses attaques de manière bien plus efficace et précise qu'auparavant. De plus l'utilisation des genjutsu semble facilitée.
  

Enfin, le cercle qui rattache les trois tomoes permet de coordonner les trois pupilles (Sinon, le Sharingan ne serait qu'un rassemblement incohérent de plusieurs pupilles sur un seul œil). On peut cependant remarquer que le nombre de tomoe peut varier d'un oeil à l'autre sur une même personne (Par exemple lors de l'utilisation du sharingan par Sasuke face à Haku, son oeil droit possède déjà 2 tomoës alors que son oeil gauche n'en compte qu'une). Des personnes comme Itachi ou Sasuke peuvent aller encore plus loin comme regarder à l'intérieur du corps d'une personne (comme Sasuke qui, grâce à son Sharingan, arrive à voir Kyubi dans le corps de Naruto) ou encore de montrer un événement passé (comme un genjutsu) Sasuke va réaliser cet exploit en montrant à Kabuto comment il a piégé Orochimaru. Depuis le chapitre 403, on sait que le sharingan de Sasuke fit son apparition lorsque celui-ci découvrit en rentrant chez lui que sa famille fut décimée par son frère
Le Mangekyou :
Le Kaléidoscope hypnotique du sharingan (万華鏡写輪眼, Mangekyō Sharingan est une évolution du Sharingan. Les capacités précédentes sont améliorées tout en permettant au porteur d'utiliser les Arcanes Lunaires (Tsukuyomi, Susanoo et Amaterasu), des techniques d'une puissance rare telles que les genjutsu à très longue portée ou durée. Cependant l'utilisation de telles techniques est dangereuse pour les yeux de son utilisateur et dépense aussi beaucoup de chakra. Seuls Kakashi Hatake, Itachi Uchiwa, Sasuke Uchiwa et Madara Uchiwa (ainsi que son frère) maîtrisent ou ont maîtrisés cette pupille. Elle s'obtient, selon Itachi, en étant à l'origine très puissant, en ayant un sharingan et en tuant son meilleur ami (bien que cette condition ne semble pas être obligatoire car Kakashi déclare que toutes les personnes qui lui étaient chères sont mortes depuis longtemps). Les motifs formés par le mangekyō sharigan sont variables d'un utilisateur à un autre .


Le Byakugan :

Le Byakugan (白眼, Byakugan (littéralement "Oeil blanc" ou "Oeil maléfique) est une pupille spéciale qu'on trouve naturellement chez les membres du clan Hyûga (en conséquence de quoi seuls les membres du clan possèdent cette technique). Les possesseurs du byakugan se caractérisent par les yeux blancs sans pupilles visibles. Lorsque le byakugan est activé, les pupilles apparaissent et les veines autour des tempes de l'utilisateur gonflent. Ce kekkei genkai permet d'avoir une vue à 360° degrés à l'exception d'un angle mort de 5° vers la nuque qui sera exploité dans un combat contre Neji. Il permet également de percevoir les méridiens, les cavités de chakra et permet de voir à travers toutes choses. Le byakugan permet aussi de voir plus loin (pas loin de 800 mètres pour Neiji Hyûga par exemple).Ce pouvoir leur permet aussi d'utiliser le juuken (ou poing souple) qui est le plus puissant taijustu de konoha.
Cependant il existe un troisème dôjutsu extrêment rare :


Le Rinnegan :

Le rinnegan (輪廻眼, rinnegan (littéralement "Oeil métempsychique") est une pupille spéciale formée de cercles concentriques de couleur grise-violette. Le seul détenteur actuel de ce puissant dōjutsu est Pein. C'est l'un des dōjutsu qui apparait dans le chapitre 373. Ces yeux ont pour réputation d'être plus forts que les deux autres dōjutsu (Sharingan et Byakugan). Ces yeux étaient possédés par le sage des six chemins (Rokudou Sennin), qui serait à l'origine de la discipline et du monde ninja. C'est ce sage qui a inventé les ninjutsu moderne que l'on connait. Ces yeux étaient appelés les outils du paradis. Ce dōjutsu a été découvert par Jiraya lorsqu'il a fait la connaissance de 3 orphelins qui avaient perdu leurs parents pendant la guerre. Ils s'appelaient Nagato, Konan et Yahiko.
Jiraya accepta de leur porter son aide. Il resta 3 ans avec eux. Un
soir, Nagato et Yahiko se sont fait attaquer par un chuunin du Village Caché de la Roche. Konan avertit Jiraya immédiatement du danger qui les guettait mais quand Jiraya arriva, le chunin était déja mort. Il s'approcha de Nagato et de Yahiko et ce dernier lui expliqua ce qui s'était passé. Il lui raconta que le chunin voulait de la nourriture et de l'argent, alors Nagato s'est énervé et le chuunin est mort. Jiraya, impressionné par ce qui venait de se passer s'approcha de Nagato, mais ce dernier était complètement figé et paralysé. Jiraya le regarda et découvrit à ce moment ses fameuses pupilles concentriques. Depuis, ces pupilles se sont améliorées car elles sont à présent formées de quatre cercles, et non plus de trois. Dans le chapitre 375 on découvre que le Rinnegan permet à son utilisateur d'utiliser toute les affinités. L'apparition d'une personne disposant du rinnegan annonce un changement radical pour le monde, en bien ou en mal, car il apporterait soit le chaos (ce qui est le but de Pein) soit l'apparition puis le développement d'un peuple ou d'une culture (ce qu'a fait le sage des six chemins en créant le monde ninja). Particularité de cette pupille, mettre de la vie dans plusieurs corps, et l'utilisateur coupe son esprit en 6.