Le Monde ninja a connu bien des histoires, dont la plupart furent rudes et sanglantes. Celle du héros des temps passé, Naruto, ne fit pas exception. Ce jeune garçon qui portait en lui la clef de ce monde de part ses origines, fils du Quatrième Hokage de Konoha, promis à un destin hors du commun, perdit bien des proches dans les batailles. Ses sensei et amis furent tués, chacun essayant de faire avancer leur recherche et leur combat contre l'Akatsuki et ses nombreux réseaux.

A cette époque, les ninjas combinaient habilement les technologies
nouvelles avec les techniques ancestrales qui se passaient de maîtres à disciples. Mais il y en avait également qui désiraient une puissance destructrice, un pouvoir ultime, et qui pour l'obtenir étaient prêt à réaliser des expériences bien étranges... Ce fut le cas d'Orochimaru, qui s'était auto proclamé chef d'Oto, un village qu'il avait lui-même fondé et qui contenait en sous-sol des laboratoires dangereux.
Les victimes furent nombreuses, des clans entiers furent décimés pour servir sa "science". Les découvertes qu'ils avaient faites pouvaient avoir de dangereuses conséquences, mais hélas pour lui, il fut en parti détruit par le dernier des Uchiwa, Sasuke.
Orochimaru déclina donc, et fut achevé par le frère de celui-ci : Itachi.

Les expériences restèrent sans suite durant quelques années, et personne ne songea même à y mener des recherches, tant les villages étaient préoccupés par la suite des événements. Une guerre s'annonçait entre le nouveau groupe Taka et l'Akatsuki si meurtrière. Leur cible ? Konoha, le village le plus puissant et le plus fiable du monde ninja. Il était évident que la perte d'une telle force handicaperait de nombreux villages cachés, et ainsi des alliances se formèrent. Les Bijuus, monstres surpuissants, étaient également en jeu, car la cible des deux organisations désormais alliées.
Les affrontements furent sanglants, et il y eu de nombreuses pertes dans chaque camp formé. Au final, les villages furent détruits, les amis d'enfances Sasuke et Naruto ne purent s'entendre et le chaos s'installa au sein du Monde dans son entier. Les villages cachés ne l'étaient plus, leur force était réduite à néan, et seuls les citoyens non-shinobi tentaient de reconstruire. Cette anarchie entraîna une augmentation des vols et violences en tout genre. Face à cela, le Shôgun (Empereur) décida de supprimer toute formation militaire, et toute arme blanche du territoire. Mais ce n'était pas la meilleure solution, car cette restriction fut prise comme une trahison de la part de certains citoyens qui se réunirent en secret pour organiser des mouvements de résistance. Leur but ? Rétablir l'Age d'Or du Monde ninja en réouvrant l'Académie, et en reprenant la formation des jeunes Shinobi. Ainsi, les villages cachés pourraient redevenir les pilliers du Monde.

Leur organisation n'avançait malheureusement pas puisque l'armée de l'Empereur réprimandait sévèrement toute personne qui s'éloignait ne serait qu'à peine des règles dictée par lui. Il y avait à la tête du mouvement un homme sage et plein de bravoure qui se nommait Kôji Rendaro. C'était un homme d'un certain âge, mais qui était robuste et possédait un charisme hors norme. Il prit la tête du groupe et profita d'une faiblesse du Shôgun pour retourner contre lui son armée, et prendre le pouvoir. Ainsi, il put officiellement faire ce que tout le monde désirait : participer à la reconstruction des villages cachés où seraient formés des shinobi vaillants afin de maintenir l'ordre dans le pays.
Les Principaux anciens villages furent réhabilités : Konoha bien entendu, mais aussi Suna, Kiri, Oto (malgré son tumultueux passé) et Kumo. Cinq villages cachés poussés à redevenir les 5 piliers militaires qu'ils étaient à une époque. Malheureusement, les formateurs manquent, et les jeunes apprenti-ninja devront se contenter d'anciens rouleaux et parchemins de technique laissés par leur ancêtres...

... Mais ce n'est pas tout ! Souvenez-vous des expériences laissées à l'abandon dans les sous-col d'Oto... Des fouilles seront menées, risquées et dangereuses, qui couteront la vie à de nombreux hommes, mais l'essentiel sera trouvé : les résultats de plusieurs expériences d'Orochimaru. Les documents seront confiés à des savants et chercheurs, dans le laboratoire le plus performant, et ils vérifieront les donnés, testeront leur stabilité, pour pouvoir alors les appliquer sur les futur shinobi.
Ainsi, les dons héréditaires de certains clans que l'on croyait éteint pourront être partiellement retrouvés. Ces dons seront distribués à certains jeunes shinobi, avec le risque cependant que cette manipulation soit rejetée par le "patient".

Les clans sont de retour, l'Académie réouvre ses portes... Commences alors ton parcours en temps que Shinobi pour servir ou détruire, pour protéger ou tuer, pour augmenter ta force ou ta sagesse...

Choisis tes attributs, qualités, et capacités, et lances-toi dans une aventure inédite pour sauver le Monde ninja d'une disparition et d'un chaos anarchique !

Dans ce jeu il te sera possible de :
- choisir un clan en espérant en supporter les acquisitions héréditaires
- choisir un village
- tracer ta propre destinées en faisant le bien ou le mal
- faire évoluer ton personnage comme tu l'entends, en passant des grades, en apprenant des techniques, et en rencontrant des amis ou adversaires
- choisir une vie propre à ton personnage, en créant une organisation avec un objectif concret