Le Genjutsu est l'art des illusions et des artifices. Cette technique consiste à manipuler les liaisons synaptiques qui s'effectue dans le cerveau afin de dérégler les organes perceptifs. Ces troubles de la perception sont causés par l'injection de Chakra dans l'encéphale. C'est un type de jutsu qui requiert un haut niveau intellectuel. Les ninjas qui maîtrisent le Genjutsu peuvent leurrer leurs adversaires en jouant sur leur environnement. La victime sera alors plongée dans une sorte de rêve éveillé : elle aura l'impression de percevoir, ouïr et sentir des choses. Ainsi, le ninja peut dominer son adversaire en le manipulant. On distingue communément deux types de Genjutsu :

1. Le Genjutsu classique : Il comprend les jutsus ordinaires tel le clonage, la métamorphose ou la substitution.
   
2. Le Genjutsu de haut niveau : Il permet de détruire l'esprit de l'adversaire ou de modifier totalement son espace sensitif.
   

Visant le système nerveux de l’adversaire, le Genjutsu affecte et manipule un ou plusieurs sens de l’adversaire, les plus puissants abusant les cinq sens : la vue, l’odorat, l’ouïe, le goût, et le toucher. Trahie par ses propres sens, la victime est plongée dans une illusion partielle ou un monde totalement illusoire, alors qu‘en réalité elle est trompée, paralysée ou encore inconsciente. Même s'ils sont irréels, ces évènements illusoires sont interprétés comme réels par le cerveau de l’adversaire, provoquant chez lui désorientation, panique, ou encore dégradation mentale.

En résumé, même si physiquement inoffensif, en plus de déstabiliser et manipuler l’adversaire qui ne reconnaît plus la réalité de l'illusion,
un Genjutsu est redoutable de par les troubles et résultats destructeurs qu’il peut provoquer sur la santé mentale de la victime. Il existe plusieurs techniques afin d’échapper à ces illusions, mais pour le parer, encore faut il que la victime réalise qu’elle est plongée dans une illusion, tant la réalité des sens est trompée.

Les ninjas possédant des capacités spéciales comme le Sharingan du clan Uchiwa, une intelligence élevée, un flaire développé, etc... réagiront plus rapidement afin de parer le Genjutsu puisque l’attention au détail est la clef. Dès les premiers signes de l’illusion, il est possible d’utiliser une technique appelée Kai (rupture) venant rompre le Genjutsu avant qu’il ne fasse effet.

Dans le cas où le Genjutsu a emprisonné sa victime, le seul moyen de s’en libérer est un contact avec la réalité. Il peut s’agir d’un contact physique externe, ou tout ce qui viendrai rattacher l’un des cinq sens à la réalité. Dans des cas extrêmes une douleur intense (cependant hors de celles causées par le Genjutsu) peut parvenir à ramener la victime à la réalité, notamment lorsque le Genjutsu est d’un niveau très élevé.

Le niveau d’un Genjutsu, et bien sur de son utilisateur, détermine la difficulté à s’en libérer. L’aptitude à générer ce genre d’illusions relève surtout de l’intelligence du ninja, le Genjutsu demandant un contrôle mentale parfait du Chakra, il se révèle être l’art le plus complexe à manipuler.